Действие фильма происходит в современном Сан-Франциско и строится вокруг ученого, генетические эксперименты которого привели к возникновению высокоразвитого интеллекта у обезьян. Приматы, осознав свое подчиненное положение, поднимают восстание и лишают человека звания царя природы.

Сэм потерял Микаэлу, правительство выпускает законодательный акт о выселении Автоботов с Земли, а пока Мегатрон скрывается после позорного поражения Фоллена, десептикон Шокуэйв, правитель Кибертрона, готовится нанести визит нашей планете с совсем не добрыми намерениями. Действие заключительной части трилогии на этот раз охватит не только Землю, но и Луну, темная сторона которой хранит не менее темные тайны.

После того, как один из пассажиров самолета выказал признаки необъяснимого заболевания сопровождающегося безумным поведением, самолет совершил вынужденную посадку. Сойдя с трапа пассажиры рейса обнаруживают себя в карантинной зоне, в которую превратили терминал прибытия городские службы. И не зря, надо сказать, превратили, так как один за другим подобной заразой заболевают другие пассажиры…

Далекое будущее. Миром правят религия и церковь. Священник, нарушая все церковные запреты, пытается выследить банду вампиров, похитивших его племянницу. В поисках ему помогают шериф и монахиня.

1873, Абсолюшен, штат Аризона. В эту глухую американскую провинцию прибывает потерявший память незнакомец. Единственный намек на его прошлое — это странные кандалы на одном из его запястий. Странник быстро узнает, что жители городка не рады незнакомцам, да и вообще они выходят на улицы лишь по приказу полковника Долархайда, правящего в этой местности железной рукой. Вскоре странное поведение жителей объясняется. Периодически с неба обрушиваются ужасающие создания, которые забирают все, что им заблагорассудится и держат город в паническом страхе. Главный герой, постепенно вспоминающий о том, что с ним произошло, становится единственной надеждой города на спасение.